Τα ερευνητικά ενδιαφέροντα του Γεωργίου Κ. Γιαννάκη επικεντρώνονται της αρχαίες ινδοευρωπαϊκές γλώσσες και την γλωσσολογία, καθώς και στη σχέση μεταξύ γλώσσας, κοινωνίας και πολιτισμού. Έχει συγγράψει πάνω από 80 μελέτες οι οποίες έχουν δημοσιευτεί σε ελληνικά και ξένα επιστημονικά περιοδικά, σε πρακτικά συνεδρίων και συλλογικούς τόμους (βλ. βιογραφικό για μια λίστα επιλεγμένων δημοσιεύσεων), έχει συμμετάσχει σε μεγάλο αριθμό συνεδρίων και ειδικών συμποσίων και είναι συγγραφέας των βιβλίων: (1) Studies in the syntax and semantics of the reduplicated presents of Homeric Greek and Indo-European (Innsbruck 1997), (2) Οι Ινδοευρωπαίοι. Μέρος Α: Γλώσσα και Πολιτισμός, 2η έκδοση (Θεσσαλονίκη 2015 – 1η έκδοση Αθήνα 2005) (3) Ιστορική Γλωσσολογία και Φιλολογία (Θεσσαλονίκη 2011), και είναι Συντάκτης της πολύτομης Εγκυκλοπαίδειας της Αρχαίας Ελληνικής Γλώσσας και Γλωσσολογίας (E. J. Brill, 2014).